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科研人必备图像处理软件—ImageJ(安装篇)
科研人必备图像处理软件ImageJ的安装步骤如下：下载Fiji：前往Fiji/Downloads下载地址进行下载。Fiji是ImageJ的扩展版本，包含了更多实用插件，推荐使用。注意区分ImageJ1与Fiji，对于国内用户，可能需要通过评论区链接或者连接外网下载200多M的压缩包，或者尝试网页版ImageJ1。
ImageJ，这款由NIH开发的免费图像处理软件，因其强大的功能和广泛的科研应用，对于科研人员来说无疑是一大利器。它不仅本身功能全面，还有众多针对不同需求的插件可供选择，为科研分析提供深度挖掘的可能，甚至能揭示隐藏在实验数据中的重要发现。
Image J，一个免费且功能强大的图像处理软件，由National Institutes of Health基于java开发。运行于Microsoft Windows，Mac OS，Linux，以及Sharp Zaurus PDA等多平台，是科研人员必备工具。Image J提供了丰富的功能，包括：计算图像的区域和像素统计（大小、长度、角度），阳性点密度和数量。
Image J ImageJ是一款基于 java的，由 National Institutes of Health（NIH）一款功能强大的图像处理软件，在科研中应用广泛。最重要的是，这个软件完全免费！最重要的是，这个软件是完全免费的！而且前人开发了很多插件，可以直接安装调用不同需求的插件。
在解压后的文件夹中，找到并双击“ImageJ”应用程序，即可启动软件。创建桌面快捷方式：为了方便日后的使用，你可以将“ImageJ”的快捷方式发送到桌面。这样，每次需要启动软件时，只需双击桌面上的快捷方式即可。通过以上步骤，你就可以成功下载并安装ImageJ，并开始你的图像处理之旅了。
ImageJ实用教程——基于深度学习的细胞核自动分割(插件篇)
打开更新页面（Help-Update...）在出现的页面中，点击Manage update sites 勾选CSBDeep和StarDist 点击Close和Apply changes 重启ImageJ后，即可在Plugins - StarDist中找到该插件。StarDist目前支持两类细胞核分割：荧光标记的细胞核和HE染色的细胞核。
利用Cellpose进行细胞分割 访问Cellpose官网并上传图像，确保图像格式为PNG或JPG。 设定分割参数，注意选择正确的选项。如果您的图像只包含细胞质，选择“cytoplasm”进行分割；对于单通道图像，不包含细胞核通道，选择“gray”作为通道；若有细胞核通道，别忘记设置“Nuclear channel”。
步骤： 打开本地图像。 转换为8bit图像。 设置Cellpose插件参数。 使用Cellpose进行分割。 保存结果到本地。 手动计数： 功能：在移动端运行，如在手机上使用Multipoint工具进行计数。 步骤：通过Analyze Measure获得汇总结果。
Cellpose细胞分割：提供网页端实时分割功能，但功能尚未完全集成到ImageJ插件中，且图像格式与大小有局限性。ImageJ.JS版的Cellpose插件实现了网页端的实时自动细胞分割，支持获取每个细胞Mask和ROI，是细胞分割的强大工具。
[独家原创]Fiji/ImageJ的Birds插件教程
Fiji/ImageJ的Birds插件使用教程要点如下：处理巨大图像：优化图像大小：在打开图像前，使用图像处理软件对图像进行适当压缩或调整，确保图像大小与Fiji/ImageJ的资源需求相匹配。保留关键细节：在压缩图像时，注意保留关键细节，以确保Birds插件能够流畅运行并准确识别鸟类图像。
首先，面对巨大图像，关键是优化处理。在打开图像前，确保已进行适当压缩或调整，以匹配Fiji/ImageJ的资源需求。使用图像处理软件的预处理功能，可以有效降低图像大小，同时保留关键细节，确保Birds插件能够流畅运行。对于拍摄方位与Birds插件不一致的问题，关键在于了解插件的适用范围和特性。
ImageJ的安装教程如下：准备阶段：确保电脑满足Fiji的运行环境。下载Fiji：打开浏览器，搜索“Fiji ImageJ”。找到官方网址并点击进入。在页面底部，选择与电脑系统相对应的Fiji版本下载链接，并点击下载按钮。安装Fiji：下载完成后，找到下载文件。双击打开下载文件，按照安装向导的提示进行操作。
第一步，请打开你的浏览器并搜索“Fiji ImageJ”。找到官方提供的网址后，点击进入。在页面底部，找到与你电脑系统相对应的Fiji版本下载链接。点击下载按钮，等待下载完成。下载完成后，找到下载文件并双击打开进行安装。请按照安装向导提示操作，直到桌面出现Fiji图标。成功安装后，点击桌面的Fiji图标打开应用。
科研人必备图像处理软件ImageJ的安装步骤如下：下载Fiji：前往Fiji/Downloads下载地址进行下载。Fiji是ImageJ的扩展版本，包含了更多实用插件，推荐使用。注意区分ImageJ1与Fiji，对于国内用户，可能需要通过评论区链接或者连接外网下载200多M的压缩包，或者尝试网页版ImageJ1。
下载和安装 Java SE Development Kit，根据操作系统下载对应的安装包。 下载 Eclipse IDE for Java Developers，并根据操作系统选择对应的版本进行下载。 在 GitHub 上克隆插件模板。访问项目页面，使用 Git Bash 或者直接下载项目解压。
ImageJ安装教程
下载Fiji：前往Fiji/Downloads下载地址进行下载。Fiji是ImageJ的扩展版本，包含了更多实用插件，推荐使用。注意区分ImageJ1与Fiji，对于国内用户，可能需要通过评论区链接或者连接外网下载200多M的压缩包，或者尝试网页版ImageJ1。
ImageJ的安装教程如下：准备阶段：确保电脑满足Fiji的运行环境。下载Fiji：打开浏览器，搜索“Fiji ImageJ”。找到官方网址并点击进入。在页面底部，选择与电脑系统相对应的Fiji版本下载链接，并点击下载按钮。安装Fiji：下载完成后，找到下载文件。双击打开下载文件，按照安装向导的提示进行操作。
安装Image J步骤如下：访问Image J官网下载安装包。下载后解压至非C盘的指定磁盘。双击运行Image J。使用频率高的用户，建议将Image J快捷方式发送至桌面。Image J有两个版本，即Image J和FIJI。Image J不包含插件，需手动安装；FIJI包含了除Image J外的更多插件，可根据需求下载。
ImageJ不需要安装，下载适合自己系统的软件包，解压后即可使用。ImageJ-win64应用程序，可以在使用前创建快捷方式。注：文件夹的路径最好是全英文，否则软件可能会闪回。ImageJ需要Java如果电脑，8的环境Java版本太低。
安装ImageJ非常简单，只需注意以下几点：确保下载的路径为英文。下载后解压，然后以管理员身份运行“ImageJ.exe”程序文件。完成上述步骤后，就可以直接使用ImageJ进行图像处理了。请注意，使用ImageJ前请确保了解其版权规定。若需商用，请从官方网站下载正版软件并获取官方授权。
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