使用AutoDock进行半柔性对接的教程如下设置工作目录及工作环境新建一个文件夹作为工作目录，并确保路径为英文将AutoDock软件包及下载的文件拷贝到此文件夹中准备受体使用pymolVMDSchrodingerDS等软件导入蛋白6PL1的晶体结构对蛋白进行处理，包括加氢和计算电荷保存处理后的蛋白结构为6pl1_。
在项目列表中，右键选择Show feature properties，显示每个特征的功能及其能量属性具有更多负能量的特征被优先考虑至此，能量优化药效团ePharmacophores模型构建完成，可以进行保存以备后续使用通过此教程，您已掌握如何借助Schrodinger软件构建能量优化药效团模型，以便在药物分子设计中应用。
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